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  • Sysmex-Partec流式細胞儀,你不知道的那些事--系列二:植物C值檢測

    【W(wǎng)hat】

    C值是指物種單倍體或配子所含的DNA量,單位為pg(picogram)或Mb(million base pair), 而1pg相當于978 Mb。


    【W(wǎng)hy】

    對于C值檢測的意義:

    1、與微衛星的擴增效率相關(guān);

    2、作為細胞核大小、花粉粒直徑等表型的預示值,  基因組大小與細胞核大小、花粉直徑等表型性狀成正相關(guān);

    3、作為生態(tài)與環(huán)境的預示值, C值與植物的生活史、地理分布、物候期、單位面積生物量、對生長(cháng)環(huán)境的敏感度(如溫度和濕度的變化)等緊密相關(guān),還能預測長(cháng)期的變化(諸如全球變暖)所引起的植被改變;

    4、利用推斷的C值來(lái)揭示古生物學(xué)的趨勢,例如,  根據化石細胞的大小,可以推斷化石的DNA含量。在植物化石中,氣孔保衛細胞的大小也可以用來(lái)估計DNA含量,進(jìn)而尋求C值的進(jìn)化趨勢;

    5、C 值對物種保育具有重要的意義,大基因組的物種往往存在更大的滅絕風(fēng)險。


    【How】

    關(guān)于基因組大小實(shí)驗說(shuō)明

    1、基因組大小的計算必須有一個(gè)適合的內參,因為外參對于樣本的精確檢測提供了過(guò)于大的樣本變化。

    2、參照物植物的基因組大小應該在待測樣本的0.7到2.5倍范圍內,否則樣本的的線(xiàn)性不準確度會(huì )增加,并且要使用低中高三個(gè)范圍的參照物。

    3、已知物種基因組大小的查詢(xún)網(wǎng)址:http://data.kew.org/cvalues/

    4、樣本基因組大小=待測樣本的峰值/參照物的峰值*參照物基因組大?。╬g/Mb)


    流式細胞儀檢測基因組大小的步驟

    1、各取50mg內參和待測植物組織,放入培養皿中

    2、加入500ul核裂解液

    3、使用鋒利刀片切碎組織,約30—60s

    4、室溫條件下孵育2—15min

    5、使用CellTrics®過(guò)濾器過(guò)濾樣本

    6、加入含有RNA酶的PI染色液,根據樣本的不同,室溫避光孵育30—60min

    7、使用有488nm或者532nm激光光源的流式細胞儀檢測;

    8、計算基因組大小,流式結果如下:


    Peak

    Index

    Mean

    Area

    Area%

    CV%

    ChiSqu

    1

    1.000

    98.29

    1084

    77.36

    2.45

    0.27

    2

    1.378

    135.48

    317

    22.64

    1.61

    0.27

    公式:樣本基因組大小=135.48/98.29*參照物基因組大?。╬g)

    注意事項:

    1、處理易褐變的材料時(shí),即植物組織含較單寧類(lèi)、多酚類(lèi)次級代謝產(chǎn)物,可在染色過(guò)程中增加0.5 - 2 % (p/v)PVP-10/20 和/或0.01 % (p/v)的檸檬酸,pH 調節到4.5;

    2、可使用其他低水平次級代謝產(chǎn)物的組織(葉柄,、花部、種子等缺乏活力的組織)


    常用試劑盒:

    貨號

    英文名稱(chēng)

    中文名稱(chēng)

    測試數

    05-5022

    CyStain® PI Absolute P

    PI精確P試劑盒

    250 tests

    05-5022-S

    CyStain® PI Absolute P

    PI精確P試劑盒(小)

    50 tests

    05-5023

    CyStain® PI Absolute T

    PI精確T試劑盒

    250 tests

    可供檢測機型:

    機型

    配置(以下均可配備自動(dòng)進(jìn)樣器)

    備注

    CyFlow Ploidy Analyser

    532nm激光器

    適用于PI試劑盒

    CyFlow Cube6

    488nm激光器

    適用于PI試劑盒

    CyFlow Cube8

    488nm激光器

    適用于PI試劑盒

    CyFlow Space

    488nm或532nm激光器  

    適用于PI試劑盒



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